Le village de Plaisia est situé dans une vallée que bordent deux montagnes se dirigeant du nord au sud. La montagne à l’ouest est couverte de buis et de broussailles, et celle à l’est d’une belle forêt.
Village de l’arrondissement de Lons-le-Saunier, dont il est distant de 22 km, il est situé à 3 km du canton d'Orgelet.
Le territoire est limité au nord par Mérona, au sud par Onoz et Ecrille, à l’est par Largillay, la Tour-du-Meix et le Bourget et à l’ouest par Ecrille et Orgelet.
Le hameau de Merlue fait partie de la commune.
La commune d’Ecrille a été réunie à celle de Plaisia le 11 septembre 1822 et en a été séparée le 24 juin 1840.
Plaisia est traversé par l’ancienne et la nouvelle route d’Orgelet à Saint-Claude, par la route départementale n°21, d’Orgelet à Pont-de-Poitte, par les chemins vicinaux tirant à Mérona, à Arinthod, et d’Orgelet à Onoz ; par la Valouse et un canal de dérivation de cette rivière ; par les ruisseaux du Moulin Taillard ou des Tanneries, celui du Chanois, le Bief d’Enfer et le bief du Marais ou de Merlue.
Situé à proximité du lac de Vouglans (le plus long lac artificiel de France : 35 km), Plaisia est à 4km de la plage du Surchaffant (Pont de la Pyle), à 8 km de la plage de Bellecin et de sa base nautique , à 15 km de la plage de la Mercantine et à 12 km de Clairvaux les Lacs.
Plaisia est également proche des stations de sports d'hiver, Prénovel, Prémanon, Les Rousses, Lelex, ...à 1 heure de route environ.